Par la suite, il s'inscrivit à la faculté de droit à l'Université de Fribourg Suisse et termina son doctorat en droit en 1904.  Il avait aussi complété ses études supérieures de cours d'économie politique et science financière à Leipzig, Munich, Berlin et Vienne.   La science allemande passait pour des modèles inégalables au début du vingtième siècle.

A trente ans, il ouvrit une étude d'avocat à Bulle (Suisse), après avoir travaillé pendant deux ans aux fonctions de procureur général à Fribourg.  En même temps il assume la direction du Crédit Gruérien à Bulle.   En 1906 il épousa Mademoiselle Julietta de MEYER, la fille du comte Jules de MEYER, et Maria POCOBELLI de MEYER.  Sept enfants naquirent de Juliette et Jean-Marie Musy: Pierre,  Marie-Christine,  Benoît, Vérène,  Luigi, Marie-Thérèse et Christophe.  La soeur de Jean-Marie, Pauline Musy, épousa Charles Comte en 1908 et ils eurent cinq enfants.

En 1913, Jean-Marie et Auguste Barras, voyant le commerce du fromage de la Gruyère  désorganisé, ils prennent l'initiative d'aider les producteurs d'alpage de la région.   Les deux Gruériens jettent les bases de la Société coopérative avec l'objectif de prendre «les fromages en consignation, pour le compte des producteurs, et assurer leur vente au meilleurs prix (http://www.gruyere.com/histoire.htm 1997).»

Entré au Conseil National en 1914, il devint vite un des représentants les plus considérés de la Suisse Romande aux Chambres fédéral à Berne.  En 1919, à l'age de 43 ans seulement il entra au Conseil fédéral et se consacra avec toutes ses forces à la tache ardue en sa qualité de chef du Département des Finances et des Douanes.  Jean-Marie Musy fut  nommé Président de la Confédération Suisse en 1925 et 1930.

De 1936 à 1939, d'importantes organisations financières suisses, ainsi que des  gouvernements étrangers eurent recours à ses précieux conseils économiques.  Il prit sa retraite définitive en 1939 et il habita avec sa famille le château de Middes.